A Revolução Farroupilha, conhecida como Guerra dos Farrapos, foi a mais longa revolta brasileira, durando dez anos, de 1835 a 1845. As dificuldades econômicas que as camadas dominantes enfrentavam foi a principal causa da Revolução.
Durante a guerra, foi criada a República Rio-Grandense, também conhecida como República de Piratini, um Estado-nação não reconhecido. Porém, o objetivo principal da revolução nunca foi proclamar um estado-nação próprio separado do Estado brasileiro, mas sim mostrar ao Império do Brasil que as oligarquias gaúchas não estavam nem um pouco satisfeitas com os impostos altos.
Alegrete veio a se tornar, a terceira capital da República Rio-Grandense e entre batalhas e campanhas, por bravura, determinação e desenvolvimento, a Vila de Alegrete foi elevada à categoria de cidade, em 22 de janeiro de 1857.
A cidade prosperou rapidamente por ser um ponto estratégico por onde escoavam os produtos primários em direção aos portos de Buenos Aires e Montevidéu.
Foi em Alegrete, no número 23 da atual Rua Vasco Alves em frente à Igreja Matriz, o lugar onde foi assassinado o vice-presidente da República Rio-Grandense, Antônio Paulino da Fontoura.
Na cidade foi realizada uma Assembleia Constituinte, para fixar as leis que regeriam a nação recém-emancipada do Império do Brasil e uma facção de deputados acusava Bento Gonçalves de tirano e cúmplice de atos de corrupção. O clima político em Alegrete estava um caos e os farroupilhas eram minoria, no final da revolução, restavam as intrigas e as traições. Foi então que o vice-presidente foi morto a tiros.
Há algumas teorias sobre sua morte, como a que diz que o próprio Bento Gonçalves foi o mandante do homicídio, ou que foi um homem ciumento, marido da amante do vice-presidente, porém até hoje ainda não se sabe exatamente quem foi o culpado.
